食品生技產業鏈上游為動植物、微生物、礦物、發酵物等原料供應及研發廠商，中游為保健食品加工製造商，下游為藥品或保健食品代理銷售及通路商。食品生技產品係以生物技術生產或加工食品，包含利用基因工程、細胞工程、酵素工程、發酵工程及生物晶片等技術，改善食品、原料品質，提高產量並降低成本。

一、上游

食品生技產業鏈之上游為動植物、微生物、礦物、發酵物等原料供應及研發廠商。原材料包括化學品、天然植物、動物、礦物、天然萃取物、微生物菌種及相關的動植物細胞等，其中以化學品使用最為廣泛。由全球市場來看，目前保健食品原料需求以營養素及礦物質需求量最高、維生素次之，植物萃取類排名第三。

酵素原料業為食品生技上游產業的發展重點，原料的來源有從天然物取得者，有從微生物發酵或動植物細胞培養而來，主要製程技術在回收、萃取、分離、純化及製劑配方；由一般化學品製備者，主要製程技術為有機合成及分離純化。

近年來因生物技術的進步，利用基因工程製造的基因轉殖動植物，可以培養用以生產藥材。目前臺灣保健食品原料多仰賴進口，不過近來在國家政策推動下，鼓勵產學合作，將學界研發成功的技術移轉給廠商，並使用臺灣特有植物、農產品、食品，加工為保健機能食品，如南臺科大生技中心和生技廠商合作開發益生菌、菇蕈類等保健食品；食品所與生技公司合作，將本土原生蔬菜開發為天然食品添加物。目前實際案例有運用臺灣骨碎補、桑黃、黑蒜頭、藻類等植物，開發出各類保健食品。

二、中游

食品生技產業鏈之中游，主要為原材料加工階段，加工項目包含保健食品、機能性食品、膳食補充食品、食品添加劑、食用酵素等。

保健食品用途為幫助維持身體健康，補充生活飲食中不足的營養成分，型態包括粉末、膠囊、錠劑、液狀、凍狀、餅狀、茶包等。因劑型的不同，常見不同的添加物，如抗氧化物、營養添加物、食用著色劑等。

食品生技具有產品開發及上市時程速度快、風險低等特性，相較法規壁壘高的醫藥類產品，此類消費性產品更具拓展彈性。近年來以機能性保健產品及發酵乳為帶動食品生技產業成長的主力，相關產品如山茶花錠、膠原蛋白飲品等調節生理機能、養顏美容飲品、水溶性膳食纖維、以紅麴菌及米發酵製成之降膽固醇保健食品，以綠豆皮及麴菌製成之抗發炎發酵飲品、以牛樟芝、靈芝及菌種發酵製成的保健食品等，皆為眾多廠商積極投入開發之領域。

三、下游

食品生技產業鏈之下游，為保健食品代理銷售及通路商。依食品所統計，目前臺灣仍以多層次傳銷或直銷為主，其次依序為醫院診所及藥房通路（含藥妝店）、一般食品店（包括連鎖超市、便利商店、福利中心）、非實體購物通路（包括電視、電台、郵購、網路購物）等；近來亦有廠商藉由與中藥店合作方式，快速地拓展其銷售據點。由於此領域技術門檻較低，市場競爭劇烈，又因許多通路紛紛搶進網路購物市場，衝擊既有的實體通路，其銷售金額呈現衰退，而非實體通路銷售金額則仍維持增長。

保健食品產業屬行政院推動之六大新興產業中「生技起飛」計畫下食品生物技術的應用範疇，並與醫療照護、精緻農業、生技等產業息息相關。面對日益龐大的醫療支出，高齡化社會到來，促使保健意識提升，個人健康管理逐漸落實在個人日常生活中。在人口經濟結構、生活型態的轉變下，對健康維護的產品需求，促使食品生技產業進行跨領域結合。在生物科技進步帶動下，臺灣再生醫療、製藥產業發展也讓新興技術延伸至保健產品領域，開發更多具有預防、修補或延緩疾病效果的機能性商品。而食品生技產品也在再生醫療、製藥新技術的帶動下，替疾病治療上帶來助力成為產品機能發展走向之一。而藉由農業生技技術，亦研發出符合人體所需產品或天然食材原料或配料。此外，新興科技的應用不但可以讓食品生技產品透過大數據科技讓產品從溯源、品質檢測到銷售服務皆可掌握，也可以應用在產品開發上，讓產品研發在時間和經濟上更具效益。

由於食藥品的安全問題，目前政府對於保健食品的產品原料、生產與品質檢驗、功能規範標示等採行較嚴謹的規範。隨著食品安全、基改食品對環境及消費者可能產生的影響等議題逐漸受到重視，如美國所實行的「食品安全計畫」（FSMA），使得食品廠商在拓展美國市場時，須擬定計畫以確保能有效掌握風險。在食品安全的要求，其重要性日益增加，而政府亦在前瞻計畫、國家科學發展計畫中，對食品安全的監控和品質要求更進一步落實。雖然對業者來說，這意味著原料製程、產品檢驗的要求將更為嚴謹，短期內雖可能對業者發展帶來較多的限制，但長期而言將有助於臺灣食品生技產業發展。

近年來預防醫學在人口高齡化、生活型態和各國健保政策轉變的帶動下，推升全球保健食品市場穩定成長。據統計，全球營養保健品的市場規模將在2023年達到1,146億美元，年成長率為4.5%。在全球保健食品市場中，亞太地區因所得成長性高而使得市場受外界矚目，其成長力道對整體市場所帶來的動能不容小覷。而台灣保健營養品市場，在疫情、銀髮商機和健康意識抬頭的帶領下，2020年產值再創新高，達195億元，年增9.7%。2021年上半年產值有98億元，年增4.5%。

東南亞市場自東協經濟體（AEC）啟動後所帶來的經濟成長和消費力提升，也開啟了消費者對機能性保健食品的需求，台灣相關生技食品在當地具市場性，商機可期。中國市場則在中國國家政策計劃、相關法規產品上市審核制度等修訂下，讓中國保健產品的銷售持續增長，市場前景看好。隨著中國即將邁入高齡社會，銀髮族相關的營養保健食品需求將成為驅動市場的動力之一。看好海外市場的前景，目前臺灣眾多廠商多透過授權或合作開發等方式來積極切入當地市場。此外，近期臺灣保健食品原料也獲得不少國內外業者的肯定，未來成長可期。

新冠疫情的持續延燒，讓消費者對健康的重視度提升。為了維護自體免疫力，相關營養保健品的需求將進一步推升市場成長。此外，疫情讓民眾的健康意識抬頭，為環境永續發展，植物肉相關產品近來備受市場關注，預期在肉品市場中，植物肉市場占比將逐年攀升。看好市場發展，台灣已有不少業者投入植物基相關產品市場，目前已有業者將自有植物肉品牌進入傳統和電商通路中。