製藥產業鏈簡介
製藥產業鏈中的上游產業主要包括製備藥物的原材料以及藥物的研發，如化學品、天然植物、礦物、微生物菌種及相關組織細胞等。中游主要包括原料藥工業及中藥材加工業，這些工業將原材料加工成原料藥或中藥材。下游產業則主要包括生產中西藥製劑（製劑製程為原材料加上賦形劑、崩散劑、黏著劑等製劑輔料，再加工成方便使用的劑型）及藥品代理銷售與通路商。近年來委託開發暨製造服務（Contract Development and Manufacturing Organization；CDMO）藥廠成為市場上新興的產業，透過與外國大廠的合作代工，接軌國際市場，進而創造更多營收。
藥物原材料及新藥研發
（一）藥物原材料製備
藥物原材料製備主為提供後續原料藥及中藥材加工之用，包括西藥原材料和中藥原材料。這些原材料包括各種化學物質、天然物質和生物製品。其中，一般化學原料占大宗。原材料的製程包括從天然物經發酵培養、萃取分離、純化，或從一般化學品經有機合成、分離純化。中藥的原材料為中藥材，包含植物、動物、礦物等原料。近年來因為生物技術的進展，利用基因轉殖方式，以組織培養技術或直接培養植物或飼養動物來生產藥物，生物科學家已得到許多成功轉殖的例子，隨此技術及相關應用更加成熟後，將可能成為上游藥物生產技術的一大突破動能。
（二）新藥開發
新藥開發是一個漫長複雜、高投資且高風險的過程，平均而言，一個藥物從研發到新藥上市，大約要花費十二至十五年的時間，上百億新臺幣的費用，大致區分為臨床前（新藥發掘與探索、價值確效、產品開發動物試驗）、臨床一期（Phase I）、臨床二期（Phase II）、臨床三期（Phase III）、新藥上市申請、上市量產等階段，成為藥品上市許可持有者（Market Authorization Holder; MAH）藥廠。專利藥研發驗證通過後，可享有20年的專利保護，到期後轉為學名藥不再享有專利權益，目前市場預估2026年為專利到期高峰期，台灣製藥產業多以學名藥為主，同時也是營收主要來源，其中癌症用藥為學名藥市場最大宗。
新研發的藥物在獲准上市前須經過臨床一至三期試驗與審查，且須在試驗過程中進行雙盲測試；亦即讓病患隨機編制為實驗組和對照組來進行藥物試驗，直到研究結束後，才進行資料解盲與分析。雖然在進行臨床試驗中，會產出期中報告，但製藥是屬於高風險產業，最後的資料解盲與分析，往往直接影響到新藥可否領取藥證以及未來在市場上的潛在價值，對製藥產業來說，新藥研發之商機是一場和時間競爭的賽事，若新藥解盲後的成效優於預期，不僅對業者來說可以早日上市取得商機，對市場和產業來說亦可帶來正面效益；不過一旦解盲後資料分析結果是失敗的，仍將引發市場對新藥或業者的質疑。對業者而言，新藥的臨床試驗本來就存在高風險，臨床失敗不等同於新藥完全失效，相關研究資源仍可重新配置或挹注到其它開發中的新藥上，即使臨床試驗成功，新藥上市仍須面臨市場接受度的挑戰。
原料藥及中藥材加工業
製藥產業鏈中游係從事原料藥工業及中藥材加工業。原料藥是藥物中具有醫療效用的基本成分，也被稱為活性藥物成分（Active Pharmaceutical Ingredients; API）。原料藥加工主要是將藥物原材料經過加工輔料賦型，由一般化學品製備者，主要製程技術為複雜的有機合成及分離純化。臺灣原料藥以外銷為主，過去藥安風暴事件後，食藥署積極監督國內藥廠原料藥使用情況，食藥署要求所有的製劑藥品皆須使用通過GMP認證原料藥並完成來源登錄，以維護藥物原料之食品級品質。中藥材加工業主要是將中藥原材料加工成膏、丸、散、片、酊狀等不同劑型。中藥材被炮製後，就會進下游繼續加工濃縮成型，成為中藥製劑。
中西藥製劑生產與藥品通路經營
製藥產業鏈下游係生產中西藥製劑及經營藥品通路。全球前十大藥廠有九家在美國，一家在英國，全球第一大廠年產值超越360億美元。臺灣製藥廠商近200家，以生產學名藥為主，規模較國際大廠相對來得小。銷售市場方面，臺灣藥廠除了少部份承接國際藥廠代工訂單外，營收來源為以銷售國內市場為主。
（一）中西藥製劑
藥品製劑生產流程係將原料藥加上製劑輔料，如賦型劑、黏著劑、乳化劑等，再加工為方便使用的劑型。隨著近來藥安問題的出現，賦形劑的使用開始受到關注。臺灣食藥署規定，除了2014年新申請藥證的藥物外，包含疫苗、點滴等注射劑，均需揭露賦形劑的資訊。而在藥事法中，亦規範了除原料藥外，領有藥品許可證的其他藥品，都須將賦形劑的成分名或品名刊載於藥品說明書上。食藥署所修訂的「藥品查驗審查登記準則」，也要求藥廠將賦形劑主動送審核。
中藥除可依傳統方法將中藥材加工成丹、丸、膏等不同物理型式外，近代發展主流之科學中藥係將傳統中藥材濃縮加工成顆粒劑、散劑或其他西藥劑。於臺灣市場銷售中西藥，其生產廠商必需符合GMP的要求，製造出符合標準之製劑後，才可銷售至醫療院所或其他藥品通路。
（二）藥品代理銷售及通路
國內藥品銷售係指傳統中藥、科學中藥、處方藥及成藥之行銷通路，主要分為醫院、中西藥局、診所等三類，透過醫師開立處方箋，再由藥劑師調劑，送交終端消費患者。而藥品代理及銷售商主要從事國外藥品之進口銷售及本土製藥廠之通路。
經營藥廠除了必須掌握產品上市時間，另一重點是如何在專利到期後延展產品價值，以整個產品生命週期來思考策略，使藥品各階段都能發揮不同階段的價值，將藥品價值發揮到最大。臺灣傳統藥廠多從事學名藥生產，然而隨著國際大廠熱門藥品專利到期之市場熱潮將逐漸消退，面對競爭激烈的國際製藥市場，除了強化產品品質、提升附加價值或轉型朝向利基市場外，和國外業者合作研發或策略聯盟來開拓海外市場亦是重要的通道。近來政府亦積極透過政策及法規來鼓勵臺灣藥廠與國際接軌，而台灣亦於2018年成為國際醫藥法規協會(International Council for Harmonisation of Technical Requirements for Pharmaceuticals for Human Use；ICH)會員，有助臺灣業者和產品站上國際舞臺。
近年熱門的CDMO藥廠，受藥品上市許可持有者（MAH）委託，服務項目從臨床試驗階段的試驗用藥生產、生產流程設計、原料藥供應、到商業化生產模式的製劑生產、充填和包裝都包含在內。
台灣的CDMO藥廠若是想跨足國際市場，必須具備台灣和他國的GMP認證，在新藥研發的臨床二期或三期時，先取得研發製造機會，若該新藥成功取得藥證，也有較高的機會把握住量產時的委製商機。
CDMO的巨大商機使得許多上游或中游的藥廠或新藥公司也改變開發策略，將部分產能運用在CDMO上，不管是研發或是生產都是近年CDMO市場著重發展的部分，許多業者也積極往具備上中下產業鏈服務能力為目標，包括臨床試驗階段、原料藥供應、商業化生產階段與包裝物流階段。
台灣自111年起施行的「生技醫藥產業發展條例」中，也針對製藥產業業者提供減稅方案，促進產業發展。隨著愈來愈多創新科技導入生醫產業、資通訊、軟體服務與AI智慧逐漸成為生醫產業中不可或缺的一部分。製藥產業近期亦加重智慧藥品的發展，讓創新技術和數位應用導入藥品開發，節省新藥研製的時間和投入之精力，以提升藥廠決策力，加速新產品上市的步調。近來市場上亦見到不少新藥品的研發是透過AI技術平台產生，智慧化科技亦帶來了龐大的相關資料，透過大數據分析對後續醫療提供幫助，在提升產品價值、減少民眾藥品費用負擔，以及醫師就疾病需求下藥等面向亦能帶來更好的服務。