京城商業銀行前身為台南區中小企業銀行，係由台南區合會儲蓄公司改制而成。民國37年11月1日，以投標式合會業務開始營運，資本額為舊台幣貳仟萬元，設有總公司及嘉義、新營、虎尾、北港等分公司，營業區域為雲嘉南縣市。

民國64年7月4日我國銀行法公佈實施，規定合會儲蓄公司列為專業銀行，並自民國67年1月1日起奉准改制為「台南區中小企業銀行」，於同年1月5日正式對外營業。嗣於民國71年3月3日奉財政部證券管理委員會核准補辦公開發行，並於民國72年7月20日股票公開上市。
 
為符合改制商業銀行資格，民國94年度辦理現金增資新台幣36億元，民國95年3月20日奉主管機關核准，並自95年5月3日更名改制為「京城商業銀行」；「京城」寓意於「精誠所至，金石為開」，代表新注入的服務精神；並於正式更名後，啟用新的企業識別系統為台南市花－「鳳凰樹」，象徵本行立足府城、花開全台。
 
歷經七十餘年之發展，本行實收資本額為新台幣11,212,342,650元；為拓展經營範圍，民國84年設立台北分行，為本行第一家跨區經營之分行，隨後配合主管機關解除中小企業銀行跨區遷移之限制，陸續遷移部份分行至國內各大都會區，目前共有67個營業單位(含OBU)，員工人數逾900人。